La notizia della scomunica di Enrico IV esplose come una bomba nell'Europa dell'epoca. Gli imperatori avevano fatto e disfatto papi a loro piacimento ed ora uno di questi scalzacani si rivoltava contro di loro. Come diavolo sarebbe finito il mondo? 
Gregorio aveva tutto a suo favore. La madre di Enrico, Agnese, era dalla sua parte così come la formidabile Matilde, contessa di Toscana. I Feudatari e Principi tedeschi colsero la palla al balzo e Gregorio , mettendosi al vento, spalleggiò Rodolfo, Duca di Svevia, come legittimo successore/sostituto all'imperatore.
Insomma aveva messo Enrico, allora ventunenne, con le spalle al muro.
Nell'inverno del 1077 Enrico passò le Alpi, perdendo anche cavalli e muli nel corso della traversata, e si recò nel rifugio superfortificato di Gregorio, la fortezza di Canossa (di proprietà della sunnominata Matilde), cinta da una triplice cerchia di mura.
Qui, adeguandosi alle condizioni dettate dal papa, l'imperatore attese nella neve fino alla vita per tre giorni, spogliato delle insegne imperiali e vestito con una tunica di lana, i porci comodi del pontefice. Alla fine persino Matilde, mossa a commozione per le disgraziate condizioni del cugino, pregò il papa di dare licenza e perdono ad Enrico, cosa che finalmente il papa si decise a fare.
In una lettera ai principi tedeschi lo stesso Gregorio, con una notevole dose di autocompiacimento, così afferma:
Le persone che hanno interceduto per Enrico mormoravano per la durezza di cuore del papa. Qualcuna ha persino detto che un tale comportamento era più degno di una crudeltà barbara o di un tiranno che la giusta severità di un giudice ecclesiastico.
Per la precisione ne riporto le parole precise: Per triduum, ante portam Castri, deposito omni regio cultu, miserabiliter, ut pote discalceatus, et laneis indutus, persistens, non prius cum multo fletu apostolicae miserationis auxilium et consolationem implorari destitit, quam omnes, qui ibi aderant, et ad quos rumor ille pervenit, ad tantam pietatem, et compassionis, misericordiam movit, ut pro eo multis precibus et lacrymis intercedentes, omnes quidem insolitam nostrae mentis duritiem mirarentur; nonnulli vero in nobis non Apostolicae sedis gravitatem, sed quasi tyrannicae feritatis crudelitatem esse clamarent. (Ep.Greg.ap.Memorie della Contessa Matilda,da Fr.Mar.Fiorentini Lucca, 1756. vol.1 pag.174)
Enrico si limitò a domandare al papa solamente di levargli la scomunica e se ne tornò a casa, dopo aver imparato la lezione, che, anche lui, non dimenticò per il futuro.
Egli fu comunque il primo (recordman) a sentire materialmente il morso degli "spirituali" strali papali.
Nel giro di pochi mesi era di nuovo scomunicato per aver sistemato per le feste Rodolfo di Svevia, ma questa volta si era preparato meglio.
Convocato un concilio fece deporre il papa e nominò quale sostituto Guilberto di Ravenna, con il nome di Clemente III.
Gregorio, furente, profetizzò che Enrico sarebbe morto entro un anno, cosa che , regolarmente, non successe. Anzi Enrico vinse tutte le sue battaglie, marciò con il suo esercito su Roma e mise sul trono papale Clemente, mentre Gregorio , abbandonato dai cardinali, scappava a Salerno, dove impartì una solenne benedizione alla razza umana "escluso Enrico, il cosiddetto Re". Persino un pontefice con poteri divini non poteva redimerlo.
Poco prima di morire, nel regno di Napoli il 24 maggio 1085, sembra dicesse:"Ho amato la giustizia ed odiato l'iniquità, eppure muoio in esilio". Allla sua mancanza di logica rispose il suo aiuto episcopale:" Come in esilio , Santità, quanto il mondo intero è tuo".
Gregorio è tenuto in grande considerazione presso i cattolici, malgrado le falsificazioni e la legislazione repressiva di cui è responsabile, ma anche i più praticanti devono ammettere che le sue responsabilità sono enormi. Prima di lui Altare e Trono erano alleati e se si fosse limitato a mettere a posto un imperatore, le cose potevano finire lì senza gran danno. Al contrario Gregorio introdusse la falsa ed ambigua dottrina che poneva lui, il papa, al posto sino ad allora occupato dall'imperatore. In nome di Gesù Cristo, pover'uomo di Nazareth, che rinunciò , tentato dal Demonio, a tutti i regni della Terra, il Papa divenne il Diavolo stesso non limitandosi ad essere il Vescovo dei vescovi ma pretendendo di essere il Re dei re.
Molti cardinali di elevata statura morale lo ritennero responsabile non solo di avere distorto storia e realtà religiosa, ma di avere distrutto l'unità della chiesa, di avere sparso i semi da cui sarebbe esplosa la Riforma e di aver impedito ogni futura possibilità di riunione delle varie confessioni, imponendo un prevaricante "romanesimo" nella normativa ecclesiastica.
Questo maniaco del potere stabilì un precedente che permise ai successori di scomunicare almeno altri otto imperatori, deponendone diversi e provocando ogni volta terribili guasti e dolori in tutta la Cristianità.
L'ultimo paradosso di Gregorio è di aver preparato la strada a papi come il Borgia ed altri, contro i quali non esisteva quasi più protezione alcuna (in precedenza Imperatore e Concilio, rappresentavano armi legali plausibili, ora rese dubbie dalle azioni e dalle statuizioni di Gregorio). Anche se sulla sedia papale si fosse insediato Satana, chi avrebbe osato avanzare dei dubbi sul Vicario di Cristo?
Gregorio VII° dovette attendere altri cinque secoli prima di essere santificato da un pontefice che non fosse lui medesimo e questi era Pio V°, anche lui con la tendenza a deporre Reali e con gli stessi pessimi risultati.
Il più grande complimento glielo fece Napoleone quando disse:" se io non fossi io, mi sarebbe piaciuto essere Gregorio VII",e la scelta tra Gregorio ed Innocenzo III fu dettata probabilmente dal lancio di una monetina.